تا به حال بیشترین کاربرد طیف بینی زیرقرمز در شناسایی ترکیبات بوده است. اگرچه دستگاه های زیرقرمز تک پرتوی نیز در این زمینه کاربرد دارند، ولی به علت پیچیدگی طیف های زیرقرمز، اغلب دستگاه های تجارتی موجود، از نوع دوپرتوی هستند، زیرا جذب های زمینه ای مربوط به گازهای موجود در اتمسفر آزمایشگاه (مانند، دی اکسید کربن، بخار آب و سایر مولکول هایی که در فضای آزمایشگاه وجود دارند)، حذف می شود. طرحی از این نوع دستگاه ها در شکل زیر نشان داده شده است. تابش ساطع شده از منبع توسط آینه های M1 و M2 به دو باریکۀکاملاً یکسان تقسیم می شود، که یکی از محفظۀ حاوی نمونه و دیگری از محفظۀ حاوی مرجع عبور می کند. آینۀ چرخان M7 به تناوب، یک بار باریکۀ عبور کرده از نمونه و بار دیگر باریکۀ عبور کرده از مرجع را به آینۀ M9 منعکس می کند. سپس این باریکه ها از طریق آینۀ M10 به دریچۀ S1 و سرانجام به تکفامساز که دارای دو شبکۀ پراش G1 و G2 است منتقل می شود. باریکه های نمونه و مرجع به صورت پالس های متناوب وارد تکفامساز شده و هر پالس توسط شبکه های پراش G1 و G2 پاشیده می شود. سپس بعد از عبور از صافی ها به دریچۀ S2 متمرکز و توسط آینه های M13 و M14 به آشکارساز (در اینجا ترموکوپل) متمرکز می شود. اگر شدت دو باریکه در فرکانس خارج شده از دریچۀ S2 برابر باشد، هیچگونه علامتی تولید نمی شود و قلم ثبات طیف، روی خط پایه حرکت خواهد کرد. ولی اگر به علت جذب تابش، توسط نمونه در یک عددموج خاص، شدت دو باریکه با هم تفاوت کند، ولتاژ متناوبی تولید و تقویت می شود و سپس باعث حرکت تضعیف کننده می شود تا توازن بین دو باریکه برقرار شود. چون قلم ثبات توسط یک اتصال مکانیکی به تضعیف کننده متصل است، با حرکت تضعیف کننده طیف جذبی نمونه رسم می شود. در واقع تضعیف کننده یک جسم مخروطی ساخته شده از ماده ای است که خود تابش زیرقرمز را جذب نمی کند، واگر جلوی تابش قرار نگیرد، هیچگونه تضعیفی انجام نمی دهد. اگر قسمت باریک آن جلوی تابش قرار بگیرد، کمی تضعیف می کند و هر چقدر قسمت ضخیم تر آن جلوی تابش قرار بگیرد، بیشتر تضعیف می کند. بنابراین، موقعیت تضعیف کننده با طیف جذبی نمونه ارتباط دارد.
طرحی از یک اسپکتروفتومتر زیرقرمز دوپرتوی، M1 ، M2 و … نشان دهندۀ آینه ها، S1 و S2 نشان دهندۀ دریچه ها، G1 و G2 نشان دهندۀ شبکه های پراش هستند.